Os manifestantes partiram os vidros das janelas do edifício, situado na zona ocidental de Seul, antes de entrarem, segundo um vídeo transmitido em direto da sala do tribunal.
"Existe a preocupação de que o suspeito possa destruir provas", afirmaram os juízes ao justificar a sua decisão de não libertar o Chefe de Estado destituído.
Dezenas de milhares de manifestantes -- 44.000 segundo a polícia - entoando palavras de ordem de apoio a Yoon e alguns segurando cartazes onde se lia "libertem o presidente", tinham-se reunido anteriormente no exterior do tribunal e entrado em confronto com a polícia.
A polícia local disse à agência AFP que um total de 40 manifestantes foram presos após a violência, que incluiu ataques a membros e veículos das forças de segurança.
Yoon, que mergulhou a Coreia do Sul na sua pior crise política das últimas décadas, falou durante 40 minutos perante os juízes, informou a agência noticiosa sul-coreana Yonhap.
O seu advogado disse à AFP que esperava "restaurar a sua honra".
Yoon Kab-keun disse a jornalistas após a audiência, de cerca de cinco horas, que o Presidente suspenso explicou "fielmente e respondeu aos factos, às provas e às questões jurídicas".
O Gabinete de Investigação da Corrupção (CIO), que lidera a investigação, afirmou num comunicado que dois veículos que transportavam membros da sua equipa tinham sido atacados por manifestantes, "criando uma situação perigosa".
O partido de Yoon apoia, de um modo geral, a aliança de segurança dos Estados Unidos com a Coreia do Sul e rejeita qualquer compromisso com a Coreia do Norte, que possui armas nucleares.
A decisão do tribunal de manter o chefe de Estado em detenção dá tempo aos procuradores para formalizarem uma acusação de insurreição, que o tornaria passível de prisão perpétua ou de execução se fosse considerado culpado.
Yoon é acusado de ter desestabilizado o seu país ao decretar a lei marcial em 03 de dezembro, uma tomada de poder que foi rapidamente contrariada pelos deputados num parlamento rodeado de soldados.
Segundo o presidente sul-coreano, a medida destinava-se a proteger a Coreia do Sul das "forças comunistas norte-coreanas" e a "eliminar os elementos hostis ao Estado".
Foi detido a 15 de janeiro na sua residência oficial, facto inédito para um chefe de Estado em exercício na Coreia do Sul.
Em 14 de dezembro, a Assembleia Nacional votou uma moção de impugnação contra Yoon, o que levou à sua suspensão. No entanto, continua a ser oficialmente Presidente, sendo que apenas o Tribunal Constitucional tem o poder de o destituir do seu título.
Neste processo paralelo às investigações em curso, o Tribunal Constitucional tem até meados de junho para o destituir definitivamente do cargo ou para decidir a sua reintegração.
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